Появилась необходимость для организации малярийной станции в 30-х годах в Ишимбае. Сотрудникам приходилось добираться до населенных мест как пешком, так и с помощью кучеров.
В 40-х годах на базе малярийной станции была организована санитарно-эпидемиологическая станция, которая вплоть до 1951 года обслуживала и территорию рабочего поселка Салават. В 1950 году врач-эпидемиолог Ишимбайской СЭС Казакова З.А. назначена санитарным врачом рабочего поселка Салават.
Салават быстро строится, возникают первые гравийные карьеры, кирпичные, деревообрабатывающие производства, бараки, общежития. В 1950 году построены первые установки газового завода и завода гидрирования, вторая очередь катализаторной фабрики, ТЭЦ, пивоваренный завод, более 26 тысяч квадратных метров жилья.
Все эти объекты требуют санитарного надзора. Поэтому в 1951 году исполком Салаватского поселкового совета постановил выделить средства для организации в поселке Салават СЭС.
Санэпидемстанция расположилась в одной комнате здания по улице Строителей, 38. К работе приступили врач-эпидемиолог Казакова З.А. и помощник госсанинспектора Семенова К.В., вскоре принимают третьего сотрудника – дезинфектора Кирюшину В.
В 1952 году возникла необходимость проводить исследования проб пищевой продукции и воды. Было принято решение об открытии бактериологической лаборатории под руководством врача-бактериолога Дашевской Л.М. Вместе с ней в лаборатории трудятся лаборант Титова и санитарка. Первое оборудование в лабораторию было доставлено из республиканской СЭС в 1952 году, в связи со вспышкой кишечной инфекции.
Затем организуется отдел профилактической дезинфекции, который возглавил Мирасов М.М. Работали в те годы хлоросодержащими дезинфектантами и дустом ДДТ.
Дезинфекторы проводили плановые обработки гостиниц, общежитий, бараков и колоний раз в неделю от мышей, клопов, тараканов и мух. Большое скопление людей, несоблюдение санитарно-гигиенических норм способствовали появлению клопов и вшей.
С начала 50-х годов эпидемиологического отдела в составе СЭС еще не было, но в штате были должности помощников врачей-эпидемиологов. Одними из первых вопросами эпидемиологии в Салавате занимались Костина В.И. и Шамсутдинова В.Х. В 1955 году назначают первого врача-эпидемиолога Попкову Ф.В.
Эпидемиологическая ситуация в Салавате в то время была сложная: брюшной тиф, дифтерия, кишечные инфекции, малярия, геморрагическая лихорадка с почечным синдромом не давали расслабиться. Эпидемиологи работали до позднего вечера. На очаги инфекционных заболеваний выходили пешком, домой возвращались поздно вечером.
В 60-е годы СЭС переезжает в новое задние. В 70-е годы организуется санитарно-гигиеническая лаборатория. Первой ее заведующей была Назарова Т.П. Лаборатория занимала две комнаты. Исследования проводились в основном визуальным методом, в сравнении со стандартными шкалами. Из оборудования были весы, ручная центрифуга и водяная баня.
В 1994 году лабораторию возглавляет Ячевская В.П. и в тот же год приобретается первый современный прибор – фотоколориметр, чуть позже – газоанализатор. В лаборатории проводятся исследования воды, атмосферного воздуха и воздуха детских дошкольных и школьных учреждений, продуктов питания.
Санитарно-гигиенический отдел – одно из ключевых подразделений службы. Специалисты отдела работали на промышленных предприятиях города, на строительных площадках, с проектными организациями. В 60-е годы сформировался отдел гигиены труда.
Предназначение этого отдела – осуществление контроля над условиями труда на промышленных предприятиях, профилактика профессиональных заболеваний и отравлений. Параллельно формируются отделы гигиены питания, коммунальной гигиены и отдел гигиены детей и подростков.
Санэпидемстанцию Салавата в разные годы возглавляли: Казакова З.А., Савина Т.В., Измайлова В.К., Кулешов А.Я., Попкова Ф.В., Кирп Г.М., Азовцев В.М. и с 2000 года – Степанов Е.Г.