Однако в 1990 году факультет был реорганизован и лишь в 2000 году решением Правительства РБ и при поддержке Министерства здравоохранения РФ было возобновлено обучение, направленное на подготовку специалистов для обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения и работы в учреждениях госсанэпиднадзора. Единственным отличием стало переименование «санитарно-гигиенического факультета» на «медико-профилактический», тем самым подчеркивая важность данной специальности не только в аспекте предупреждения возникновения патологии, но и в плане нормирования параметров окружающей среды и профилактики возникновения осложнений уже имеющихся заболеваний.
Обучение проводится в соответствии с федеральным государственным образовательным стандартом. Продолжительность обучения составляет 6 лет. Качество подготовки обеспечивается высоким уровнем профессионализма преподавателей, преимущественно профессоров и доцентов кафедр, наличием эффективных базовых центров практической подготовки студентов, возможностью проведения практических занятий в Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Республике Башкортостан и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Башкортостан».
С 2007 года организовано последипломное образование в рамках программы ординатуры направленных на подготовку высших кадров в структуру Роспотребнадзора. На данный момент, на факультет обучаются свыше 350 студентов, будущих специалистов санитарно-эпидемиологической службы.
Таким образом, история факультета являет много примеров жизненного и научного подвига наших предшественников. Ведь, именно профилактическое направление современной медицины даст человеку счастье, здоровье и гармоничную жизнь. Выпускникам профилактической медицины удалось пронести сочетание верности традициям наших учителей и самые новые научные разработки через десятилетия.