В воздушном пункте пропуска через государственную границу Российской Федерации «Уфа» организован санитарно-карантинный пункт, работающий в круглосуточном режиме. Специалистами санитарно-карантинного пункта проводится карантинный досмотр воздушных судов международных рейсов. Санитарно-карантинный контроль направлен, прежде всего, на выполнение задач по санитарной охране территории страны от завоза и распространения особо опасных инфекционных заболеваний и массовых неинфекционных заболеваний (отравлений) и предупреждение завоза потенциально опасных для населения товаров и грузов.
В 2016 году досмотрено 1839 транспортных средств, 293 426 пассажиров и членов экипажей. Выявлено 8 больных с подозрением на инфекционное заболевание. Досмотрено 9 партий грузов, подлежащих санитарно-карантинному контролю, запрещения ввоза и вывоза грузов не было, опасные грузы не поступали.